What are the main symptoms of C. difficile infection. How is C. diff typically contracted. Which antibiotics are most effective for treating C. difficile. What preventive measures can reduce C. diff transmission in healthcare settings. How has the epidemiology of C. difficile changed in recent years. What are the risk factors for developing severe C. diff infection. When should someone seek medical care for suspected C. difficile.

Understanding Clostridioides Difficile: The Basics

Clostridioides difficile, commonly known as C. diff, is a bacterium that can cause a range of intestinal symptoms, from mild diarrhea to life-threatening inflammation of the colon. This infection has become a significant concern in healthcare settings, particularly affecting elderly patients and those with compromised immune systems.

C. diff infections often occur after the use of antibiotics, which can disrupt the normal balance of bacteria in the gut. This allows C. diff to proliferate and produce toxins that damage the intestinal lining. While historically associated with healthcare environments, community-acquired cases are on the rise, presenting new challenges for public health officials and healthcare providers.

Key Facts About C. Difficile

• C. diff is the leading cause of healthcare-associated diarrhea in developed countries
• Approximately 200,000 people in the US contract C. diff in hospitals or care facilities annually
• An additional 170,000 cases occur outside healthcare settings each year
• Infection rates in healthcare facilities have decreased due to improved prevention measures
• Community-acquired cases are increasing, with some strains affecting younger populations

Recognizing the Symptoms of C. Difficile Infection

Identifying C. diff infection early is crucial for effective treatment and preventing complications. Symptoms typically develop within 5-10 days of starting antibiotic therapy, but can appear as soon as the first day or up to three months later.

Mild to Moderate Infection Symptoms

• Watery diarrhea (3 or more times a day for more than one day)
• Mild abdominal cramping and tenderness

Severe Infection Symptoms

• Frequent watery diarrhea (10-15 times a day)
• Severe abdominal pain and cramping
• Fever
• Rapid heart rate
• Dehydration
• Nausea
• Loss of appetite
• Weight loss
• Blood or pus in stool

In rare cases, severe C. diff infection can lead to toxic megacolon, a life-threatening condition characterized by severe inflammation and distension of the colon. This requires immediate medical intervention.

Causes and Risk Factors for C. Difficile Infection

Understanding the causes and risk factors associated with C. diff infection is essential for both prevention and management. While antibiotic use is the primary risk factor, several other conditions can increase susceptibility to this infection.

Primary Causes

• Disruption of normal gut flora due to antibiotic use
• Exposure to C. diff spores in healthcare environments
• Impaired immune function

Risk Factors

• Advanced age (65 years or older)
• Recent hospitalization or long-term care facility stay
• Previous C. diff infection
• Weakened immune system
• Gastrointestinal surgery or disorders
• Proton pump inhibitor use

It’s important to note that while some individuals carry C. diff bacteria without developing symptoms, they can still spread the infection to others. This underscores the importance of proper hygiene and infection control measures in healthcare settings and the community.

Diagnostic Approaches for C. Difficile Infection

Accurate diagnosis of C. difficile infection is crucial for initiating appropriate treatment and implementing infection control measures. Healthcare providers employ various diagnostic tools to confirm the presence of C. diff and assess the severity of the infection.

Common Diagnostic Methods

• Stool tests to detect C. diff toxins or antigens
• Polymerase chain reaction (PCR) to identify C. diff genes
• Colonoscopy or sigmoidoscopy in severe cases
• Imaging studies (CT scan or X-ray) to check for complications

How is C. diff diagnosed in patients with suspected infection? The primary method involves testing stool samples for the presence of C. diff toxins or genes. PCR tests are highly sensitive and can provide results quickly, often within hours. In cases where symptoms are severe or other complications are suspected, healthcare providers may recommend additional tests such as colonoscopy or imaging studies to assess the extent of colon inflammation and rule out other conditions.

Treatment Options for C. Difficile Infection

The treatment of C. difficile infection aims to eliminate the bacteria, restore the balance of gut flora, and manage symptoms. The approach depends on the severity of the infection and the patient’s overall health status.

Antibiotic Therapy

Which antibiotics are most effective for treating C. difficile? The primary antibiotics used to treat C. diff infections include:

• Vancomycin (oral)
• Fidaxomicin
• Metronidazole (for mild cases or when other options are unavailable)

These antibiotics are specifically chosen for their ability to target C. diff while minimizing further disruption to the gut microbiome. The duration of treatment typically ranges from 10 to 14 days, but may be extended in severe or recurrent cases.

Alternative Treatments

• Fecal microbiota transplantation (FMT) for recurrent infections
• Probiotics as an adjunct therapy
• Bezlotoxumab, a monoclonal antibody to prevent recurrence

In cases of severe or recurrent C. diff infections, fecal microbiota transplantation has shown promising results. This procedure involves transferring fecal matter from a healthy donor to restore the patient’s gut microbiome. While still considered an investigational treatment, FMT has demonstrated high success rates in preventing recurrence of C. diff infections.

Prevention Strategies for C. Difficile Transmission

Preventing the spread of C. difficile is crucial in both healthcare settings and the community. Effective prevention strategies involve a combination of infection control measures, antibiotic stewardship, and patient education.

Key Prevention Measures

• Hand hygiene with soap and water (alcohol-based sanitizers are less effective against C. diff spores)
• Contact precautions for infected patients
• Environmental cleaning with sporicidal agents
• Judicious use of antibiotics
• Patient and visitor education on infection control practices

What preventive measures can reduce C. diff transmission in healthcare settings? Implementing strict hand hygiene protocols, using appropriate personal protective equipment, and thorough environmental cleaning are essential. Healthcare facilities should also establish antibiotic stewardship programs to minimize unnecessary antibiotic use, which can reduce the risk of C. diff infections.

Community Prevention

In community settings, prevention focuses on personal hygiene and awareness:

• Proper handwashing, especially after using the bathroom and before handling food
• Avoiding unnecessary antibiotic use
• Cleaning and disinfecting surfaces in homes where someone has had C. diff
• Educating family members and caregivers about infection control

The Changing Landscape of C. Difficile Epidemiology

The epidemiology of C. difficile infections has undergone significant changes in recent years, presenting new challenges for healthcare providers and public health officials.

Trends in C. Difficile Infections

• Decrease in healthcare-associated infections due to improved prevention measures
• Increase in community-acquired cases
• Emergence of hypervirulent strains
• Shifting demographics, with more cases among younger, healthier individuals

How has the epidemiology of C. difficile changed in recent years? While improved infection control measures have led to a decline in healthcare-associated cases, community-acquired infections are on the rise. This shift suggests that C. diff is no longer solely a healthcare-associated pathogen, necessitating broader prevention strategies and increased awareness among healthcare providers and the general public.

Emerging Challenges

The emergence of hypervirulent strains, such as ribotype 027, has contributed to more severe infections and increased rates of recurrence. These strains are often associated with higher levels of toxin production and increased antibiotic resistance, making them more challenging to treat and control.

Additionally, the changing demographics of C. diff infections, with more cases occurring in younger, previously healthy individuals, highlight the need for continued research into risk factors and transmission patterns outside healthcare settings.

Managing Severe and Recurrent C. Difficile Infections

Severe C. difficile infections and recurrent cases pose significant challenges in management and often require more aggressive treatment approaches. Understanding the risk factors and available treatment options is crucial for healthcare providers dealing with these complex cases.

Risk Factors for Severe Infection

What are the risk factors for developing severe C. diff infection? Several factors can increase the likelihood of a severe C. diff infection:

• Advanced age (>65 years)
• Compromised immune system
• Recent hospitalization or long-term care facility stay
• Severe underlying illness
• Previous severe C. diff infection
• Infection with hypervirulent strains

Management of Severe Infections

Severe C. diff infections often require more aggressive treatment approaches:

• Intravenous fluid replacement and electrolyte correction
• Combination antibiotic therapy (e.g., oral vancomycin plus intravenous metronidazole)
• Close monitoring for complications such as toxic megacolon or perforation
• Consideration of surgical intervention in life-threatening cases

Addressing Recurrent Infections

Recurrent C. diff infections, defined as symptom relapse within 8 weeks of completing treatment, occur in approximately 20-30% of cases. Management strategies for recurrent infections include:

• Extended or pulsed antibiotic regimens
• Fecal microbiota transplantation
• Use of bezlotoxumab to prevent recurrence
• Consideration of adjunctive therapies such as probiotics or immunoglobulins

The management of severe and recurrent C. diff infections often requires a multidisciplinary approach, involving infectious disease specialists, gastroenterologists, and sometimes surgeons to provide comprehensive care and improve outcomes.

When to Seek Medical Care for Suspected C. Difficile Infection

Recognizing when to seek medical attention for suspected C. difficile infection is crucial for timely diagnosis and treatment. While mild cases may resolve on their own, certain symptoms warrant immediate medical evaluation.

Warning Signs Requiring Medical Attention

When should someone seek medical care for suspected C. difficile? Individuals should contact their healthcare provider if they experience:

• Persistent diarrhea (3 or more watery stools per day for more than 2 days)
• Severe abdominal pain or cramping
• Fever above 101°F (38.3°C)
• Blood in the stool
• Signs of dehydration (e.g., dry mouth, decreased urination, dizziness)
• Symptoms that worsen or fail to improve after initial treatment

It’s particularly important for individuals who have recently taken antibiotics or been in a healthcare setting to be vigilant about these symptoms, as they are at higher risk for C. diff infection.

What to Expect During Medical Evaluation

When seeking medical care for suspected C. diff infection, patients can expect:

• A thorough review of medical history and recent antibiotic use
• Physical examination focusing on abdominal symptoms
• Stool sample collection for laboratory testing
• Possible blood tests to check for signs of infection or dehydration
• In severe cases, imaging studies or endoscopic procedures may be recommended

Early detection and treatment of C. difficile infection can significantly improve outcomes and reduce the risk of complications. Healthcare providers play a crucial role in educating patients about the signs and symptoms that require prompt medical attention, especially for those at higher risk of infection.

Инфекция C. difficile – Симптомы и причины

Обзор

Clostridioides difficile (klos-TRID-e-oi-deez dif-uh-SEEL) – это бактерия, вызывающая инфекцию толстой кишки (ободочной кишки). Симптомы могут варьироваться от диареи до опасного для жизни повреждения толстой кишки. Бактерию часто называют C. difficile или C. diff.

Заболевание, вызванное C. difficile, обычно возникает после применения антибиотиков. Это чаще всего поражает пожилых людей в больницах или в учреждениях длительного ухода. В Соединенных Штатах около 200 000 человек ежегодно заражаются C. difficile в больницах или учреждениях по уходу. Эти цифры ниже, чем в предыдущие годы, из-за улучшения профилактических мер.

Люди, не находящиеся в медицинских учреждениях или больницах, также могут заболеть инфекцией C. difficile. Некоторые штаммы бактерий у населения в целом могут вызывать серьезные инфекции или с большей вероятностью поражают молодых людей. В Соединенных Штатах около 170 000 случаев инфицирования ежегодно происходят за пределами медицинских учреждений, и это число увеличивается.

Бактерия ранее называлась Clostridium (klos-TRID-e-um) difficile.

Товары и услуги

• Книга: Книга семейного здоровья Mayo Clinic, 5-е издание
• Информационный бюллетень: Mayo Clinic Health Letter — Digital Edition

Симптомы

Некоторые люди переносят бактерии C. difficile в кишечнике, но никогда не заболевают. Эти люди являются переносчиками бактерий и могут распространять инфекции.

Признаки и симптомы обычно развиваются в течение 5–10 дней после начала курса антибиотиков. Однако они могут возникнуть уже в первый день или до трех месяцев спустя.

Инфекция легкой и средней степени тяжести

Наиболее распространенными признаками и симптомами инфекции C. difficile легкой и средней степени тяжести являются:

• Водянистая диарея три или более раз в день в течение более одного дня
• Легкие спазмы и болезненность в животе

Тяжелая инфекция

Люди с тяжелой инфекцией C. difficile склонны к обезвоживанию и могут нуждаться в госпитализации. C. difficile может вызвать воспаление толстой кишки и иногда образование участков необработанной ткани, которые могут кровоточить или выделять гной. Признаки и симптомы тяжелой инфекции включают:

• Водянистая диарея от 10 до 15 раз в день
• Спазмы и боли в животе, которые могут быть сильными
• Учащенное сердцебиение
• Обезвоживание
• Лихорадка
• Тошнота
• Повышенное количество лейкоцитов
• Почечная недостаточность
• Потеря аппетита
• Вздутие живота
• Потеря веса
• Кровь или гной в стуле

Тяжелая и внезапная инфекция C. difficile, редкое состояние, также может вызывать воспаление кишечника, приводящее к увеличению толстой кишки (также называемому токсическим мегаколоном) и сепсису. Сепсис — это опасное для жизни состояние, которое возникает, когда реакция организма на инфекцию повреждает его собственные ткани. Людей с такими состояниями госпитализируют в отделение интенсивной терапии.

Когда обратиться к врачу

У некоторых людей во время или вскоре после лечения антибиотиками возникает жидкий стул. Это может быть вызвано инфекцией C. difficile. Обратитесь к врачу, если у вас есть:

• Три или более водянистых стула в день
• Симптомы длятся более двух дней
• Новая лихорадка
• Сильная боль в животе или спазмы
• Кровь в стуле

Запись на прием в клинике Майо

Получайте самую свежую медицинскую информацию из клиники Мэйо на свой почтовый ящик.

Подпишитесь бесплатно и получите подробное руководство по
здоровье пищеварительной системы, а также последние новости и инновации в области здравоохранения. Вы можете отписаться в любой
время.

Адрес электронной почты

Чтобы предоставить вам самую актуальную и полезную информацию, а также понять, какая
информация полезна, мы можем объединить вашу электронную почту и информацию об использовании веб-сайта с
другая информация о вас, которой мы располагаем. Если вы пациент клиники Майо, это может
включать защищенную информацию о здоровье. Если мы объединим эту информацию с вашей защищенной
медицинской информации, мы будем рассматривать всю эту информацию как
информацию и будет использовать или раскрывать эту информацию только так, как указано в нашем уведомлении о
практики конфиденциальности. Вы можете отказаться от получения сообщений по электронной почте в любое время, нажав на
ссылка для отписки в письме.

Причины

Ободочная и прямая кишка

Ободочная и прямая кишка

Ободочная кишка, также называемая толстой кишкой, представляет собой длинный трубчатый орган в брюшной полости. Толстая кишка несет отходы, которые должны быть удалены из организма.

Бактерии C. difficile попадают в организм через рот. Они могут начать размножаться в тонком кишечнике. Когда они достигают толстой кишки (толстой кишки), они могут выделять токсины, повреждающие ткани. Эти токсины разрушают клетки, производят пятна воспалительных клеток и клеточного дебриса и вызывают водянистую диарею.

Когда бактерии находятся за пределами толстой кишки — практически в любой точке окружающей среды — они находятся в спящем состоянии или, по сути, отключены. Это позволяет им выживать в течение длительного времени в любом количестве мест:

• Фекалии человека или животных
• Поверхности в комнате
• Немытые руки
• Почва
• Вода
• Пищевые продукты, включая мясо

Когда бактерии снова попадают в пищеварительную систему человека, они «просыпаются» и могут снова начать вызывать инфекцию. Способность C. difficile в спящем состоянии выживать вне организма обеспечивает в целом легкую передачу бактерии, особенно при отсутствии тщательного мытья рук и очистки.

Факторы риска

Хотя люди, не имеющие известных факторов риска, заболевают C. difficile, некоторые факторы повышают риск.

Прием антибиотиков или других лекарств

Ваш кишечник содержит около 100 триллионов бактериальных клеток и от 500 до 2000 различных видов бактерий, многие из которых помогают защитить ваш организм от инфекций. Когда вы принимаете антибиотики для лечения инфекции, эти препараты, как правило, уничтожают некоторые полезные бактерии в вашем организме в дополнение к бактериям, вызывающим инфекцию.

Без достаточного количества полезных бактерий, чтобы держать его под контролем, C. difficile может быстро выйти из-под контроля. В то время как любой антибиотик может быть вовлечен, антибиотики, которые чаще всего приводят к инфекции C. difficile, включают:

• Клиндамицин
• Цефалоспорины
• Пенициллины
• Фторхинолоны

Ингибиторы протонной помпы, тип лекарств, используемых для снижения кислотности желудка, также могут увеличить риск заражения C. difficile.

Пребывание в медицинском учреждении

Большинство инфекций, вызванных C. difficile, возникает у людей, которые находятся или недавно находились в медицинских учреждениях, включая больницы, дома престарелых и учреждения длительного ухода, где микробы легко распространяются, широко распространено использование антибиотиков, и люди особенно уязвимы к инфекции. В больницах и домах престарелых C. difficile распространяется по:

• Руки
• Ручки для тележек
• Поручни
• Прикроватные тумбочки
• Унитазы и раковины
• Стетоскопы, термометры или другие устройства
• Телефоны
• Пульты дистанционного управления

Серьезное заболевание или медицинская процедура

Определенные медицинские состояния или процедуры могут сделать вас более восприимчивыми к инфекции C. difficile, в том числе:

• Воспалительные заболевания кишечника
• Ослабление иммунной системы в результате заболевания или лечения (например, химиотерапии)
• Хроническая болезнь почек
• Желудочно-кишечные процедуры
• Другие абдоминальные операции

Другие факторы риска

Пожилой возраст является фактором риска. В одном исследовании риск заражения C. difficile был в 10 раз выше для людей в возрасте 65 лет и старше по сравнению с более молодыми людьми.

Наличие одной инфекции C. difficile увеличивает вероятность заражения другой, и риск продолжает увеличиваться с каждой инфекцией.

Женщины чаще, чем мужчины, страдают инфекцией C. difficile по неясным причинам.

Осложнения

Осложнения инфекции C. difficile включают:

• Обезвоживание. Тяжелая диарея может привести к значительной потере жидкости и электролитов. Это мешает вашему телу нормально функционировать и может привести к падению артериального давления до опасно низкого уровня.
• Почечная недостаточность. В некоторых случаях обезвоживание может произойти настолько быстро, что функция почек быстро ухудшается (почечная недостаточность).
• Токсический мегаколон. В этом редком состоянии толстая кишка не может удалять газы и стул, что приводит к ее значительному увеличению (мегаколон). Без лечения толстая кишка может разорваться. Затем бактерии из толстой кишки могут попасть в брюшную полость или в кровоток. Токсический мегаколон может привести к летальному исходу и требует экстренной операции.
• Отверстие в толстой кишке (перфорация кишечника). Это редкое состояние возникает в результате обширного повреждения слизистой оболочки толстой кишки или после токсического мегаколона. Попадание бактерий из толстой кишки в брюшную полость может привести к опасной для жизни инфекции (перитонит).
• Смерть. В редких случаях инфекция C. difficile легкой или средней степени тяжести, но чаще серьезная инфекция, может быстро прогрессировать до летального исхода, если не начать лечение своевременно.

Профилактика

Чтобы помочь предотвратить распространение C. difficile, больницы и другие медицинские учреждения следуют строгим правилам инфекционного контроля. Если у вас есть друг или член семьи в больнице или доме престарелых, следуйте рекомендациям. Задавайте вопросы, если заметите, что лица, осуществляющие уход, или другие люди не следуют указаниям.

Профилактические меры включают:

• Избегайте ненужного использования антибиотиков. Антибиотики иногда назначают при небактериальных состояниях, таких как вирусные заболевания, при которых эти препараты не помогают. При этих заболеваниях занимайте выжидательную позицию. Если вам действительно нужен антибиотик, спросите своего врача, можно ли получить рецепт на препарат, который принимается в течение более короткого времени или является антибиотиком узкого спектра действия. Антибиотики узкого спектра действия нацелены на ограниченное число видов бактерий и с меньшей вероятностью воздействуют на здоровые бактерии.
• Ручная стирка. Медицинские работники должны тщательно соблюдать гигиену рук до и после лечения каждого человека, находящегося под их опекой. В случае вспышки C. difficile использование мыла и теплой воды является лучшим выбором для гигиены рук, поскольку дезинфицирующие средства для рук на спиртовой основе не эффективно уничтожают споры C. difficile. Посетители также должны мыть руки теплой водой с мылом до и после выхода из комнаты или посещения туалета.
• Меры предосторожности при контакте. Люди, госпитализированные с инфекцией C. difficile, живут в отдельной палате или делят палату с больным тем же заболеванием. Персонал больницы и посетители носят одноразовые перчатки и изолирующие халаты, находясь в палате.
• Тщательная очистка. В любом медицинском учреждении все поверхности должны быть тщательно продезинфицированы средством, содержащим хлорный отбеливатель. Споры C. difficile могут выжить при воздействии обычных чистящих средств, не содержащих отбеливатель.

Персонал клиники Мэйо

Связанные

Связанные процедуры

Продукты и услуги

Антибиотикотерапия инфекции Clostridium difficile ассоциирована с определенными бактериальными и грибковыми общественными структурами

, KotensktonJ MignriotCM, The The Г. Э., Нельсон А.М., Ли Б., Хаффнейгл Г.Б., З. Ли Дж., Янг В.Б.
2014.
Индуцированные антибиотиками сдвиги в микробиоме и метаболоме кишечника мыши повышают восприимчивость к инфекции Clostridium difficile. Нац Коммуна
5:3114. дои: 10.1038/ncomms4114. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Стивенс В., Думати Г., Файн Л.С., Фишер С.Г., ван Вейнгаарден Э.
2011.
Кумулятивное воздействие антибиотиков с течением времени и риск инфекции Clostridium difficile. Клин заразить Dis
53:42–48. doi: 10.1093/cid/cir301. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. Antharam VC, Li EC, Ishmael A, Sharma A, Mai V, Rand KH, Wang GP.
2013.
Дисбиоз кишечника и истощение маслянообразующих бактерий при инфекции Clostridium difficile и нозокомиальной диарее. Джей Клин Микробиол
51: 2884–2892. doi: 10.1128/JCM.00845-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

4. Seekatz AM, Young VB.
2014.
Clostridium difficile и микробиота. Джей Клин Инвест
124:4182–4189. DOI: 10.1172/JCI72336. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

5. Thanissery R, ​​Winston JA, Theriot CM.
2017.
Ингибирование прорастания спор, роста и токсинной активности клинически значимых штаммов C. difficile вторичными желчными кислотами, полученными из кишечной микробиоты. Анаэроб
45:86–100. doi: 10.1016/j.anaerobe.2017.03.004. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

6. Бхаттачарджи Д., Фрэнсис М.Б., Дин Х., Макаллистер К.Н., Шреста Р., Сорг Дж.А.
2015.
Повторное изучение фенотипов прорастания нескольких штаммов Clostridium difficile предполагает другую роль герминантного рецептора CspC. J Бактериол
198: 777–786. doi: 10.1128/JB.00908-15. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

7. Zhang K, Zhao S, Wang Y, Zhu X, Shen H, Chen Y, Sun X.
2015.
Нетоксигенный Clostridium difficile CD37 защищает мышей от заражения штаммом C. difficile типа BI/NAP1/027. Анаэроб
36:49–52. doi: 10.1016/j. anaerobe.2015.09.009. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. Tulli L, Marchi S, Petracca R, Shaw HA, Fairweather NF, Scarselli M, Soriani M, Leuzzi R.
2013.
CbpA: новый поверхностный адгезин Clostridium difficile, нацеленный на человеческий коллаген. Клеточная микробиология
15: 1674–1687. дои: 10.1111/см.12139. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Barketi-Klai A, Hoys S, Lambert-Bordes S, Collignon A, Kansau I.
2011.
Роль фибронектин-связывающего белка А в кишечной колонизации Clostridium difficile. Джей Мед Микробиол
60:1155–1161. дои: 10.1099/Джмм.0.029553-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Spigaglia P, Barketi-Klai A, Collignon A, Mastrantonio P, Barbanti F, Rupnik M, Janezic S, Kansau I.
2013.
Поверхностный слой (S-слой) штаммов Clostridium difficile человека и животных и их поведение при прикреплении к эпителиальным клеткам и кишечной колонизации. Джей Мед Микробиол
62: 1386–1393. doi: 10.1099/jmm.0.056556-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

11. Stevens VW, Nelson RE, Schwab-Daugherty EM, Khader K, Jones MM, Brown KA, Greene T, Croft LD, Neuhauser M, Glassman P, Goetz MB, Samore М.Х., Рубин М.А.
2017.
Сравнительная эффективность ванкомицина и метронидазола для профилактики рецидивов и летального исхода у пациентов с инфекцией, вызванной Clostridium difficile. JAMA Стажер Мед
177: 546–553. doi: 10.1001/jamainternmed.2016.9045. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Bass SN, Bauer SR, Neuner EA, Lam SW.
2013.
Сравнение результатов лечения монотерапией ванкомицином и комбинированной терапией при тяжелой инфекции Clostridium difficile. Джей Хосп заражает
85:22–27. doi: 10.1016/j.jhin.2012.12.019. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

13. Корнели О.А., Крук Д.В., Эспозито Р., Пуарье А., Сомеро М.С., Вайс К., Сирс П., Горбач С., Группа клинических исследований OPT-80-004. 2012.
Фидаксомицин в сравнении с ванкомицином при инфекции Clostridium difficile в Европе, Канаде и США: двойное слепое рандомизированное контролируемое исследование не меньшей эффективности. Ланцет Infect Dis
12: 281–289. doi: 10.1016/S1473-3099(11)70374-7. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

14. Бабахани Ф., Гомес А., Роберт Н., Сирс П.
2011.
Постантибиотический эффект фидаксомицина и его основного метаболита OP-1118 в отношении Clostridium difficile . Противомикробные агенты Chemother
55:4427–4429. doi: 10.1128/AAC.00104-11. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

15. Муллейн К.М., Миллер М.А., Вайс К., Лентнек А., Голан И., Сирс П.С., Шу Ю.К., Луи Т.Дж., Горбач С.Л.
2011.
Эффективность фидаксомицина по сравнению с ванкомицином в качестве терапии инфекции Clostridium difficile у лиц, одновременно принимающих антибиотики по поводу других сопутствующих инфекций. Клин заразить Dis
53:440–447. дои: 10.1093/сид/цир404. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Sangster W, Hegarty JP, Schieffer KM, Wright JR, Hackman J, Toole DR, Lamendella R, Stewart DB Sr.
2016.
Бактериальные и грибковые изменения микробиоты отличают инфекцию C. difficile от других форм диареи: результаты проспективного стационарного исследования. Фронт микробиол
7:789. doi: 10.3389/fmicb.2016.00789. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Саид Х.С., Суда В., Накагоме С., Чинен Х., Осима К., Ким С., Кимура Р., Ираха А., Исида Х., Фудзита Дж., Мано С, Морита Х, Дохи Т, Оота Х, Хаттори М.
2014.
Дисбактериоз слюнной микробиоты при воспалительных заболеваниях кишечника и его связь с пероральными иммунологическими биомаркерами. ДНК Res
21:15–25. дои: 10.1093/днарес/dst037. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Whitman CB, Czosnowski QA.
2012.
Фидаксомицин для лечения инфекций Clostridium difficile. Энн Фармакотер
46:219–228. doi: 10.1345/aph.1Q481. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Biedenbach DJ, Ross JE, Putnam SD, Jones RN.
2010.
In vitro Активность фидаксомицина (OPT-80) протестирована против современных клинических изолятов Staphylococcus spp. и Энтерококк вид. Противомикробные агенты Chemother
54:2273–2275. doi: 10.1128/AAC.00090-10. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

20. Louie TJ, Emery J, Krulicki W, Byrne B, Mah M.
2009.
OPT-80 устраняет Clostridium difficile и щадит видов Bacteroides во время лечения инфекции C. difficile . Противомикробные агенты Chemother
53:261–263. doi: 10.1128/AAC.01443-07. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Луи Т.Дж., Миллер М.А., Муллейн К.М., Вайс К., Лентнек А., Голан Ю., Горбач С., Сирс П., Шу Ю.К., Группа клинических исследований OPT-80-003. 2011.
Фидаксомицин против ванкомицина при инфекции Clostridium difficile. N Engl J Med
364: 422–431. дои: 10.1056/NEJMoa0910812. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

22. Watt M, Dinh A, Le Monnier A, Tilleul P.
2017.
Анализ экономической эффективности использования фидаксомицина и ванкомицина для лечения инфекции Clostridium difficile во Франции. Джей Мед Экон
20: 678–686. дои: 10.1080/13696998.2017.1302946. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Бабахани Ф., Седдон Дж., Сирс П.
2014.
Сравнительные микробиологические исследования ингибиторов транскрипции фидаксомицина и рифамицинов в Clostridium difficile . Противомикробные агенты Chemother
58:2934–2937. doi: 10.1128/AAC.02572-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Louie TJ, Cannon K, Byrne B, Emery J, Ward L, Eyben M, Krulicki W.
2012.
Фидаксомицин сохраняет кишечный микробиом во время и после лечения инфекции Clostridium difficile (CDI) и снижает реэкспрессию токсина и рецидивы CDI. Клин заразить Dis
55: С132–С142. дои: 10.1093/цид/цис338. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. Elsing C, Ernst S, Kayali N, Stremmel W, Harenberg S.
2011.
Белок, связывающий липополисахарид, интерлейкин-6 и С-реактивный белок при острых желудочно-кишечных инфекциях: значение в качестве биомаркеров для снижения ненужной антибактериальной терапии. Инфекционное заболевание
39:327–331. doi: 10.1007/s15010-011-0117-5. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

26. Burakoff R, Zhao L, Celifarco AJ, Rose KL, Donovan V, Pothoulakis C, Percy WH.
1995.
Воздействие очищенного токсина А Clostridium difficile на дистальный отдел толстой кишки кролика. Гастроэнтерология
109: 348–354. doi: 10.1016/0016-5085(95)

-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

27. Shoshan MC, Florin I, Thelestam M.
1993.
Активация клеточной фосфолипазы A2 токсином B Clostridium difficile. J Cell Biochem
52:116–124. doi: 10.1002/jcb.240520115. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

28. Zanella Terrier MC, Simonet ML, Bichard P, Frossard JL.
2014.
Рецидивирующие инфекции Clostridium difficile: значение кишечной микробиоты. Мир J Гастроэнтерол
20:7416–7423. дои: 10.3748/wjg.v20.i23.7416. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. Коропаткин Н.М., Кэмерон Э.А., Мартенс Э.С.
2012.
Как метаболизм гликанов формирует микробиоту кишечника человека. Нат Рев Микробиол
10: 323–335. DOI: 10.1038/nrmicro2746. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Ng KM, Ferreyra JA, Higginbottom SK, Lynch JB, Kashyap PC, Gopinath S, Naidu N, Choudhury B, Weimer BC, Monack DM, Sonnenburg Дж.Л.
2013.
Освобождаемые микробиотой сахара-хозяева способствуют постантибиотической экспансии кишечных патогенов. Природа
502: 96–99. дои: 10.1038/nature12503. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Галан А., Морено Л., Паррага Х., Серрано А., Санс М.Х., Кортес Д., Кабедо Н.
2013.
Новые производные изохинолина как антимикробные агенты. Биоорг Мед Хим
21:3221–3230. doi: 10.1016/j.bmc.2013.03.042. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

32. Ma YM, Qiao K, Kong Y, Li MY, Guo LX, Miao Z, Fan C.
2017.
Новый изохинолоновый алкалоид из эндофитного гриба R22 Nerium indicum. Нат Прод Рез
31:951–958. дои: 10.1080/14786419.2016.1258556. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

33. Лангилле М.Г., Заневельд Дж. , Капорасо Дж.Г., Макдональд Д., Найтс Д., Рейес Дж.А., Клементе Дж.К., Беркепиле Д.Е., Вега Тербер Р.Л., Найт Р., Бейко Р.Г., Хаттенхауэр К.
2013.
Прогностическое функциональное профилирование микробных сообществ с использованием последовательностей маркерных генов 16S рРНК. Нат Биотехнолог
31:814–821. doi: 10.1038/nbt.2676. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

34. Barberán A, Caceres Velazquez H, Jones S, Fierer N.
2017.
Прятаться у всех на виду: извлекать записи о видах бактерий для получения информации о фенотипических признаках. мсфера
2:e00237-17. doi: 10.1128/mSphere.00237-17
номер: e00237-17. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. ван Леувен П.Т., ван дер Пит Дж.М., Биккер Ф.Дж., Хугенкамп М.А., Оливейра Пайва А.М., Костидис С., Майборода О.А., Смитс В.К., Кром Б.П.
2016.
Межвидовые взаимодействия между Clostridium difficile и Candida albicans . мсфера
1:e00187-17. doi: 10.1128/mSphere.00187-16. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

36. Jawhara S, Thuru X, Standaert-Vitse A, Jouault T, Mordon S, Sendid B, Desreumaux P, Poulain D.
2008.
Колонизации мышей Candida albicans способствует химически индуцированный колит и усиливает воспалительные реакции через галектин-3. J заразить Dis
197: 972–980. дои: 10.1086/528990. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

37. Goldstein EJC, Johnson SJ, Maziade PJ, Evans CT, Sniffen JC, Millette M, McFarland LV.
2017.
Пробиотики и профилактика инфекции Clostridium difficile. Анаэроб
45:114–119. doi: 10.1016/j.anaerobe.2016.12.007. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Tung JM, Dolovich LR, Lee CH.
2009.
Профилактика инфекции Clostridium difficile с помощью Saccharomyces boulardii: систематический обзор. Кан Ж Гастроэнтерол
23:817–821. дои: 10.1155/2009/915847. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

39. Newton DF, Macfarlane S, Macfarlane GT.
2013.
Влияние антибиотиков на видовой состав бактерий и метаболическую активность в хемостатах, содержащих определенные популяции кишечных микроорганизмов человека. Противомикробные агенты Chemother
57:2016–2025. doi: 10.1128/AAC.00079-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Zhai H, Pan J, Pang E, Bai B.
2014.
Лаваж с аллицином в сочетании с ванкомицином ингибирует образование биопленки Staphylococcus epidermidis в модели инфекции протезного сустава у кроликов. PLoS один
9:e102760. doi: 10.1371/journal.pone.0102760. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

41. Goldstein EJ, Babakhani F, Citron DM.
2012.
Антимикробная активность фидаксомицина. Клин заразить Dis
55 (Приложение 2): S143–S148. doi: 10.1093/cid/cis339. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

42. Rognes T, Floruri T, Nichols B, Quince C, Mahé F.
2016.
VSEARCH: универсальный инструмент с открытым исходным кодом для метагеномики. PeerJ
4:e2584. doi: 10.7717/peerj.2584. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Эдгар Р.С.
2010.
Поиск и кластеризация на несколько порядков быстрее, чем BLAST. Биоинформатика
26:2460–2461. doi: 10.1093/биоинформатика/btq461. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, Costello EK, Fierer N, Peña AG, Goodrich JK, Gordon JI, Huttley GA, Kelley ST, Knights D, Koenig JE, Ley RE, Lozupone CA, McDonald D, Muegge BD, Pirrung M, Reeder J, Sevinsky JR, Turnbaugh PJ, Walters WA, Widmann J, Yatsunenko T, Zaneveld J, Knight R.
2010.
QIIME позволяет анализировать данные секвенирования с высокой пропускной способностью. Нат Методы
7: 335–336. doi: 10.1038/nmeth.f.303. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

45. ДеСантис Т.З., Хугенхольц П., Ларсен Н., Рохас М., Броди Э.Л., Келлер К., Хубер Т., Далеви Д., Ху П., Андерсен Г.Л.
2006.
Greengenes, проверенная химера база данных генов 16S рРНК и рабочая среда, совместимая с ARB. Appl Environ Microbiol
72: 5069–5072. doi: 10.1128/АЕМ.03006-05. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Paulson JN, Stine OC, Bravo HC, Pop M.
2013.
Дифференциальный анализ численности для исследований микробных маркерных генов. Нат Методы
10:1200–1202. doi: 10.1038/nmeth.2658. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

47. Полсон Дж. Н., Поп М., Браво Х.К.
2013.
metagenomeSeq: статистический анализ для разреженного высокопроизводительного секвенирования. Пакет биопроводников
1.11.10 изд.
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/metagenomeSeq.html.

48. Сегата Н., Изард Дж., Уолдрон Л., Геверс Д., Миропольски Л., Гарретт В.С., Хаттенхауэр К.
2011.
Открытие и объяснение метагеномных биомаркеров. Геном Биол
12:R60. doi: 10.1186/gb-2011-12-6-r60. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

49. Смит Д.П., Пей К.Г.
2014.
Глубина последовательности, а не репликация с помощью ПЦР, улучшает экологические выводы из секвенирования ДНК следующего поколения. PLoS один
9:e

. doi: 10.1371/journal.pone.00

. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

50. Bolger AM, Lohse M, Usadel B.
2014.
Trimmomatic: гибкий триммер для данных последовательностей Illumina. Биоинформатика
30:2114–2120. doi: 10.1093/биоинформатика/btu170. [PMC бесплатная статья] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

51. Kõljalg U, Nilsson RH, Abarenkov K, Tedersoo L, Taylor AF, Bahram M, Bates ST, Bruns TD, Bengtsson-Palme J, Callaghan TM , Дуглас Б., Дренхан Т., Эберхардт У., Дуэньяс М., Гребенк Т., Гриффит Г.В., Хартманн М., Кирк П.М., Кохаут П., Ларссон Э., Линдал Б.Д., Лукинг Р., Мартин М.П., ​​Матени П.Б., Нгуен Н.Х., Нисканен Т., Оджа J, Peay KG, Peintner U, Peterson M, Põldmaa K, Saag L, Saar I, Schüßler A, Scott JA, Senés C, Smith ME, Suija A, Taylor DL, Telleria MT, Weiss M, Larsson KH.
2013.
На пути к единой парадигме идентификации грибов на основе последовательностей. Мол Эколь
22:5271–5277. doi: 10.1111/mec.12481. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

52. Фауст К., Сатирапонгсасути Дж. Ф., Изард Дж., Сегата Н., Геверс Д., Раес Дж., Хаттенхауэр К.