Инфекция C. difficile – Симптомы и причины

Обзор

Clostridioides difficile (klos-TRID-e-oi-deez dif-uh-SEEL) – это бактерия, вызывающая инфекцию толстой кишки (ободочной кишки). Симптомы могут варьироваться от диареи до опасного для жизни повреждения толстой кишки. Бактерию часто называют C. difficile или C. diff.

Заболевание, вызванное C. difficile, обычно возникает после применения антибиотиков. Это чаще всего поражает пожилых людей в больницах или в учреждениях длительного ухода. В Соединенных Штатах около 200 000 человек ежегодно заражаются C. difficile в больницах или учреждениях по уходу. Эти цифры ниже, чем в предыдущие годы, из-за улучшения профилактических мер.

Люди, не находящиеся в медицинских учреждениях или больницах, также могут заболеть инфекцией C. difficile. Некоторые штаммы бактерий у населения в целом могут вызывать серьезные инфекции или с большей вероятностью поражают молодых людей. В Соединенных Штатах около 170 000 случаев инфицирования ежегодно происходят за пределами медицинских учреждений, и это число увеличивается.

Бактерия ранее называлась Clostridium (klos-TRID-e-um) difficile.

Товары и услуги

• Книга: Книга семейного здоровья Mayo Clinic, 5-е издание
• Информационный бюллетень: Mayo Clinic Health Letter — Digital Edition

Симптомы

Некоторые люди переносят бактерии C. difficile в кишечнике, но никогда не заболевают. Эти люди являются переносчиками бактерий и могут распространять инфекции.

Признаки и симптомы обычно развиваются в течение 5–10 дней после начала курса антибиотиков. Однако они могут возникнуть уже в первый день или до трех месяцев спустя.

Инфекция легкой и средней степени тяжести

Наиболее распространенными признаками и симптомами инфекции C. difficile легкой и средней степени тяжести являются:

• Водянистая диарея три или более раз в день в течение более одного дня
• Легкие спазмы и болезненность в животе

Тяжелая инфекция

Люди с тяжелой инфекцией C. difficile склонны к обезвоживанию и могут нуждаться в госпитализации. C. difficile может вызвать воспаление толстой кишки и иногда образование участков необработанной ткани, которые могут кровоточить или выделять гной. Признаки и симптомы тяжелой инфекции включают:

• Водянистая диарея от 10 до 15 раз в день
• Спазмы и боли в животе, которые могут быть сильными
• Учащенное сердцебиение
• Обезвоживание
• Лихорадка
• Тошнота
• Повышенное количество лейкоцитов
• Почечная недостаточность
• Потеря аппетита
• Вздутие живота
• Потеря веса
• Кровь или гной в стуле

Тяжелая и внезапная инфекция C. difficile, редкое состояние, также может вызывать воспаление кишечника, приводящее к увеличению толстой кишки (также называемому токсическим мегаколоном) и сепсису. Сепсис — это опасное для жизни состояние, которое возникает, когда реакция организма на инфекцию повреждает его собственные ткани. Людей с такими состояниями госпитализируют в отделение интенсивной терапии.

Когда обратиться к врачу

У некоторых людей во время или вскоре после лечения антибиотиками возникает жидкий стул. Это может быть вызвано инфекцией C. difficile. Обратитесь к врачу, если у вас есть:

• Три или более водянистых стула в день
• Симптомы длятся более двух дней
• Новая лихорадка
• Сильная боль в животе или спазмы
• Кровь в стуле

Запись на прием в клинике Майо

Получайте самую свежую медицинскую информацию из клиники Мэйо на свой почтовый ящик.

Подпишитесь бесплатно и получите подробное руководство по
здоровье пищеварительной системы, а также последние новости и инновации в области здравоохранения. Вы можете отписаться в любой
время.

Адрес электронной почты

Чтобы предоставить вам самую актуальную и полезную информацию, а также понять, какая
информация полезна, мы можем объединить вашу электронную почту и информацию об использовании веб-сайта с
другая информация о вас, которой мы располагаем. Если вы пациент клиники Майо, это может
включать защищенную информацию о здоровье. Если мы объединим эту информацию с вашей защищенной
медицинской информации, мы будем рассматривать всю эту информацию как
информацию и будет использовать или раскрывать эту информацию только так, как указано в нашем уведомлении о
практики конфиденциальности. Вы можете отказаться от получения сообщений по электронной почте в любое время, нажав на
ссылка для отписки в письме.

Причины

Ободочная и прямая кишка

Ободочная и прямая кишка

Ободочная кишка, также называемая толстой кишкой, представляет собой длинный трубчатый орган в брюшной полости. Толстая кишка несет отходы, которые должны быть удалены из организма.

Бактерии C. difficile попадают в организм через рот. Они могут начать размножаться в тонком кишечнике. Когда они достигают толстой кишки (толстой кишки), они могут выделять токсины, повреждающие ткани. Эти токсины разрушают клетки, производят пятна воспалительных клеток и клеточного дебриса и вызывают водянистую диарею.

Когда бактерии находятся за пределами толстой кишки — практически в любой точке окружающей среды — они находятся в спящем состоянии или, по сути, отключены. Это позволяет им выживать в течение длительного времени в любом количестве мест:

• Фекалии человека или животных
• Поверхности в комнате
• Немытые руки
• Почва
• Вода
• Пищевые продукты, включая мясо

Когда бактерии снова попадают в пищеварительную систему человека, они «просыпаются» и могут снова начать вызывать инфекцию. Способность C. difficile в спящем состоянии выживать вне организма обеспечивает в целом легкую передачу бактерии, особенно при отсутствии тщательного мытья рук и очистки.

Факторы риска

Хотя люди, не имеющие известных факторов риска, заболевают C. difficile, некоторые факторы повышают риск.

Прием антибиотиков или других лекарств

Ваш кишечник содержит около 100 триллионов бактериальных клеток и от 500 до 2000 различных видов бактерий, многие из которых помогают защитить ваш организм от инфекций. Когда вы принимаете антибиотики для лечения инфекции, эти препараты, как правило, уничтожают некоторые полезные бактерии в вашем организме в дополнение к бактериям, вызывающим инфекцию.

Без достаточного количества полезных бактерий, чтобы держать его под контролем, C. difficile может быстро выйти из-под контроля. В то время как любой антибиотик может быть вовлечен, антибиотики, которые чаще всего приводят к инфекции C. difficile, включают:

• Клиндамицин
• Цефалоспорины
• Пенициллины
• Фторхинолоны

Ингибиторы протонной помпы, тип лекарств, используемых для снижения кислотности желудка, также могут увеличить риск заражения C. difficile.

Пребывание в медицинском учреждении

Большинство инфекций, вызванных C. difficile, возникает у людей, которые находятся или недавно находились в медицинских учреждениях, включая больницы, дома престарелых и учреждения длительного ухода, где микробы легко распространяются, широко распространено использование антибиотиков, и люди особенно уязвимы к инфекции. В больницах и домах престарелых C. difficile распространяется по:

• Руки
• Ручки для тележек
• Поручни
• Прикроватные тумбочки
• Унитазы и раковины
• Стетоскопы, термометры или другие устройства
• Телефоны
• Пульты дистанционного управления

Серьезное заболевание или медицинская процедура

Определенные медицинские состояния или процедуры могут сделать вас более восприимчивыми к инфекции C. difficile, в том числе:

• Воспалительные заболевания кишечника
• Ослабление иммунной системы в результате заболевания или лечения (например, химиотерапии)
• Хроническая болезнь почек
• Желудочно-кишечные процедуры
• Другие абдоминальные операции

Другие факторы риска

Пожилой возраст является фактором риска. В одном исследовании риск заражения C. difficile был в 10 раз выше для людей в возрасте 65 лет и старше по сравнению с более молодыми людьми.

Наличие одной инфекции C. difficile увеличивает вероятность заражения другой, и риск продолжает увеличиваться с каждой инфекцией.

Женщины чаще, чем мужчины, страдают инфекцией C. difficile по неясным причинам.

Осложнения

Осложнения инфекции C. difficile включают:

• Обезвоживание. Тяжелая диарея может привести к значительной потере жидкости и электролитов. Это мешает вашему телу нормально функционировать и может привести к падению артериального давления до опасно низкого уровня.
• Почечная недостаточность. В некоторых случаях обезвоживание может произойти настолько быстро, что функция почек быстро ухудшается (почечная недостаточность).
• Токсический мегаколон. В этом редком состоянии толстая кишка не может удалять газы и стул, что приводит к ее значительному увеличению (мегаколон). Без лечения толстая кишка может разорваться. Затем бактерии из толстой кишки могут попасть в брюшную полость или в кровоток. Токсический мегаколон может привести к летальному исходу и требует экстренной операции.
• Отверстие в толстой кишке (перфорация кишечника). Это редкое состояние возникает в результате обширного повреждения слизистой оболочки толстой кишки или после токсического мегаколона. Попадание бактерий из толстой кишки в брюшную полость может привести к опасной для жизни инфекции (перитонит).
• Смерть. В редких случаях инфекция C. difficile легкой или средней степени тяжести, но чаще серьезная инфекция, может быстро прогрессировать до летального исхода, если не начать лечение своевременно.

Профилактика

Чтобы помочь предотвратить распространение C. difficile, больницы и другие медицинские учреждения следуют строгим правилам инфекционного контроля. Если у вас есть друг или член семьи в больнице или доме престарелых, следуйте рекомендациям. Задавайте вопросы, если заметите, что лица, осуществляющие уход, или другие люди не следуют указаниям.

Профилактические меры включают:

• Избегайте ненужного использования антибиотиков. Антибиотики иногда назначают при небактериальных состояниях, таких как вирусные заболевания, при которых эти препараты не помогают. При этих заболеваниях занимайте выжидательную позицию. Если вам действительно нужен антибиотик, спросите своего врача, можно ли получить рецепт на препарат, который принимается в течение более короткого времени или является антибиотиком узкого спектра действия. Антибиотики узкого спектра действия нацелены на ограниченное число видов бактерий и с меньшей вероятностью воздействуют на здоровые бактерии.
• Ручная стирка. Медицинские работники должны тщательно соблюдать гигиену рук до и после лечения каждого человека, находящегося под их опекой. В случае вспышки C. difficile использование мыла и теплой воды является лучшим выбором для гигиены рук, поскольку дезинфицирующие средства для рук на спиртовой основе не эффективно уничтожают споры C. difficile. Посетители также должны мыть руки теплой водой с мылом до и после выхода из комнаты или посещения туалета.
• Меры предосторожности при контакте. Люди, госпитализированные с инфекцией C. difficile, живут в отдельной палате или делят палату с больным тем же заболеванием. Персонал больницы и посетители носят одноразовые перчатки и изолирующие халаты, находясь в палате.
• Тщательная очистка. В любом медицинском учреждении все поверхности должны быть тщательно продезинфицированы средством, содержащим хлорный отбеливатель. Споры C. difficile могут выжить при воздействии обычных чистящих средств, не содержащих отбеливатель.

Персонал клиники Мэйо

Связанные

Связанные процедуры

Продукты и услуги

Антибиотикотерапия инфекции Clostridium difficile ассоциирована с определенными бактериальными и грибковыми общественными структурами

, KotensktonJ MignriotCM, The The Г. Э., Нельсон А.М., Ли Б., Хаффнейгл Г.Б., З. Ли Дж., Янг В.Б.
2014.
Индуцированные антибиотиками сдвиги в микробиоме и метаболоме кишечника мыши повышают восприимчивость к инфекции Clostridium difficile. Нац Коммуна
5:3114. дои: 10.1038/ncomms4114. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

2. Стивенс В., Думати Г., Файн Л.С., Фишер С.Г., ван Вейнгаарден Э.
2011.
Кумулятивное воздействие антибиотиков с течением времени и риск инфекции Clostridium difficile. Клин заразить Dis
53:42–48. doi: 10.1093/cid/cir301. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. Antharam VC, Li EC, Ishmael A, Sharma A, Mai V, Rand KH, Wang GP.
2013.
Дисбиоз кишечника и истощение маслянообразующих бактерий при инфекции Clostridium difficile и нозокомиальной диарее. Джей Клин Микробиол
51: 2884–2892. doi: 10.1128/JCM.00845-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

4. Seekatz AM, Young VB.
2014.
Clostridium difficile и микробиота. Джей Клин Инвест
124:4182–4189. DOI: 10.1172/JCI72336. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

5. Thanissery R, ​​Winston JA, Theriot CM.
2017.
Ингибирование прорастания спор, роста и токсинной активности клинически значимых штаммов C. difficile вторичными желчными кислотами, полученными из кишечной микробиоты. Анаэроб
45:86–100. doi: 10.1016/j.anaerobe.2017.03.004. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

6. Бхаттачарджи Д., Фрэнсис М.Б., Дин Х., Макаллистер К.Н., Шреста Р., Сорг Дж.А.
2015.
Повторное изучение фенотипов прорастания нескольких штаммов Clostridium difficile предполагает другую роль герминантного рецептора CspC. J Бактериол
198: 777–786. doi: 10.1128/JB.00908-15. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

7. Zhang K, Zhao S, Wang Y, Zhu X, Shen H, Chen Y, Sun X.
2015.
Нетоксигенный Clostridium difficile CD37 защищает мышей от заражения штаммом C. difficile типа BI/NAP1/027. Анаэроб
36:49–52. doi: 10.1016/j. anaerobe.2015.09.009. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. Tulli L, Marchi S, Petracca R, Shaw HA, Fairweather NF, Scarselli M, Soriani M, Leuzzi R.
2013.
CbpA: новый поверхностный адгезин Clostridium difficile, нацеленный на человеческий коллаген. Клеточная микробиология
15: 1674–1687. дои: 10.1111/см.12139. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Barketi-Klai A, Hoys S, Lambert-Bordes S, Collignon A, Kansau I.
2011.
Роль фибронектин-связывающего белка А в кишечной колонизации Clostridium difficile. Джей Мед Микробиол
60:1155–1161. дои: 10.1099/Джмм.0.029553-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Spigaglia P, Barketi-Klai A, Collignon A, Mastrantonio P, Barbanti F, Rupnik M, Janezic S, Kansau I.
2013.
Поверхностный слой (S-слой) штаммов Clostridium difficile человека и животных и их поведение при прикреплении к эпителиальным клеткам и кишечной колонизации. Джей Мед Микробиол
62: 1386–1393. doi: 10.1099/jmm.0.056556-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

11. Stevens VW, Nelson RE, Schwab-Daugherty EM, Khader K, Jones MM, Brown KA, Greene T, Croft LD, Neuhauser M, Glassman P, Goetz MB, Samore М.Х., Рубин М.А.
2017.
Сравнительная эффективность ванкомицина и метронидазола для профилактики рецидивов и летального исхода у пациентов с инфекцией, вызванной Clostridium difficile. JAMA Стажер Мед
177: 546–553. doi: 10.1001/jamainternmed.2016.9045. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Bass SN, Bauer SR, Neuner EA, Lam SW.
2013.
Сравнение результатов лечения монотерапией ванкомицином и комбинированной терапией при тяжелой инфекции Clostridium difficile. Джей Хосп заражает
85:22–27. doi: 10.1016/j.jhin.2012.12.019. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

13. Корнели О.А., Крук Д.В., Эспозито Р., Пуарье А., Сомеро М.С., Вайс К., Сирс П., Горбач С., Группа клинических исследований OPT-80-004. 2012.
Фидаксомицин в сравнении с ванкомицином при инфекции Clostridium difficile в Европе, Канаде и США: двойное слепое рандомизированное контролируемое исследование не меньшей эффективности. Ланцет Infect Dis
12: 281–289. doi: 10.1016/S1473-3099(11)70374-7. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

14. Бабахани Ф., Гомес А., Роберт Н., Сирс П.
2011.
Постантибиотический эффект фидаксомицина и его основного метаболита OP-1118 в отношении Clostridium difficile . Противомикробные агенты Chemother
55:4427–4429. doi: 10.1128/AAC.00104-11. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

15. Муллейн К.М., Миллер М.А., Вайс К., Лентнек А., Голан И., Сирс П.С., Шу Ю.К., Луи Т.Дж., Горбач С.Л.
2011.
Эффективность фидаксомицина по сравнению с ванкомицином в качестве терапии инфекции Clostridium difficile у лиц, одновременно принимающих антибиотики по поводу других сопутствующих инфекций. Клин заразить Dis
53:440–447. дои: 10.1093/сид/цир404. [Статья PMC бесплатно] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Sangster W, Hegarty JP, Schieffer KM, Wright JR, Hackman J, Toole DR, Lamendella R, Stewart DB Sr.
2016.
Бактериальные и грибковые изменения микробиоты отличают инфекцию C. difficile от других форм диареи: результаты проспективного стационарного исследования. Фронт микробиол
7:789. doi: 10.3389/fmicb.2016.00789. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Саид Х.С., Суда В., Накагоме С., Чинен Х., Осима К., Ким С., Кимура Р., Ираха А., Исида Х., Фудзита Дж., Мано С, Морита Х, Дохи Т, Оота Х, Хаттори М.
2014.
Дисбактериоз слюнной микробиоты при воспалительных заболеваниях кишечника и его связь с пероральными иммунологическими биомаркерами. ДНК Res
21:15–25. дои: 10.1093/днарес/dst037. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Whitman CB, Czosnowski QA.
2012.
Фидаксомицин для лечения инфекций Clostridium difficile. Энн Фармакотер
46:219–228. doi: 10.1345/aph.1Q481. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Biedenbach DJ, Ross JE, Putnam SD, Jones RN.
2010.
In vitro Активность фидаксомицина (OPT-80) протестирована против современных клинических изолятов Staphylococcus spp. и Энтерококк вид. Противомикробные агенты Chemother
54:2273–2275. doi: 10.1128/AAC.00090-10. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

20. Louie TJ, Emery J, Krulicki W, Byrne B, Mah M.
2009.
OPT-80 устраняет Clostridium difficile и щадит видов Bacteroides во время лечения инфекции C. difficile . Противомикробные агенты Chemother
53:261–263. doi: 10.1128/AAC.01443-07. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Луи Т.Дж., Миллер М.А., Муллейн К.М., Вайс К., Лентнек А., Голан Ю., Горбач С., Сирс П., Шу Ю.К., Группа клинических исследований OPT-80-003. 2011.
Фидаксомицин против ванкомицина при инфекции Clostridium difficile. N Engl J Med
364: 422–431. дои: 10.1056/NEJMoa0910812. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

22. Watt M, Dinh A, Le Monnier A, Tilleul P.
2017.
Анализ экономической эффективности использования фидаксомицина и ванкомицина для лечения инфекции Clostridium difficile во Франции. Джей Мед Экон
20: 678–686. дои: 10.1080/13696998.2017.1302946. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Бабахани Ф., Седдон Дж., Сирс П.
2014.
Сравнительные микробиологические исследования ингибиторов транскрипции фидаксомицина и рифамицинов в Clostridium difficile . Противомикробные агенты Chemother
58:2934–2937. doi: 10.1128/AAC.02572-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Louie TJ, Cannon K, Byrne B, Emery J, Ward L, Eyben M, Krulicki W.
2012.
Фидаксомицин сохраняет кишечный микробиом во время и после лечения инфекции Clostridium difficile (CDI) и снижает реэкспрессию токсина и рецидивы CDI. Клин заразить Dis
55: С132–С142. дои: 10.1093/цид/цис338. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

25. Elsing C, Ernst S, Kayali N, Stremmel W, Harenberg S.
2011.
Белок, связывающий липополисахарид, интерлейкин-6 и С-реактивный белок при острых желудочно-кишечных инфекциях: значение в качестве биомаркеров для снижения ненужной антибактериальной терапии. Инфекционное заболевание
39:327–331. doi: 10.1007/s15010-011-0117-5. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

26. Burakoff R, Zhao L, Celifarco AJ, Rose KL, Donovan V, Pothoulakis C, Percy WH.
1995.
Воздействие очищенного токсина А Clostridium difficile на дистальный отдел толстой кишки кролика. Гастроэнтерология
109: 348–354. doi: 10.1016/0016-5085(95)

-8. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

27. Shoshan MC, Florin I, Thelestam M.
1993.
Активация клеточной фосфолипазы A2 токсином B Clostridium difficile. J Cell Biochem
52:116–124. doi: 10.1002/jcb.240520115. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

28. Zanella Terrier MC, Simonet ML, Bichard P, Frossard JL.
2014.
Рецидивирующие инфекции Clostridium difficile: значение кишечной микробиоты. Мир J Гастроэнтерол
20:7416–7423. дои: 10.3748/wjg.v20.i23.7416. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. Коропаткин Н.М., Кэмерон Э.А., Мартенс Э.С.
2012.
Как метаболизм гликанов формирует микробиоту кишечника человека. Нат Рев Микробиол
10: 323–335. DOI: 10.1038/nrmicro2746. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Ng KM, Ferreyra JA, Higginbottom SK, Lynch JB, Kashyap PC, Gopinath S, Naidu N, Choudhury B, Weimer BC, Monack DM, Sonnenburg Дж.Л.
2013.
Освобождаемые микробиотой сахара-хозяева способствуют постантибиотической экспансии кишечных патогенов. Природа
502: 96–99. дои: 10.1038/nature12503. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Галан А., Морено Л., Паррага Х., Серрано А., Санс М.Х., Кортес Д., Кабедо Н.
2013.
Новые производные изохинолина как антимикробные агенты. Биоорг Мед Хим
21:3221–3230. doi: 10.1016/j.bmc.2013.03.042. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

32. Ma YM, Qiao K, Kong Y, Li MY, Guo LX, Miao Z, Fan C.
2017.
Новый изохинолоновый алкалоид из эндофитного гриба R22 Nerium indicum. Нат Прод Рез
31:951–958. дои: 10.1080/14786419.2016.1258556. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

33. Лангилле М.Г., Заневельд Дж. , Капорасо Дж.Г., Макдональд Д., Найтс Д., Рейес Дж.А., Клементе Дж.К., Беркепиле Д.Е., Вега Тербер Р.Л., Найт Р., Бейко Р.Г., Хаттенхауэр К.
2013.
Прогностическое функциональное профилирование микробных сообществ с использованием последовательностей маркерных генов 16S рРНК. Нат Биотехнолог
31:814–821. doi: 10.1038/nbt.2676. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

34. Barberán A, Caceres Velazquez H, Jones S, Fierer N.
2017.
Прятаться у всех на виду: извлекать записи о видах бактерий для получения информации о фенотипических признаках. мсфера
2:e00237-17. doi: 10.1128/mSphere.00237-17
номер: e00237-17. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. ван Леувен П.Т., ван дер Пит Дж.М., Биккер Ф.Дж., Хугенкамп М.А., Оливейра Пайва А.М., Костидис С., Майборода О.А., Смитс В.К., Кром Б.П.
2016.
Межвидовые взаимодействия между Clostridium difficile и Candida albicans . мсфера
1:e00187-17. doi: 10.1128/mSphere.00187-16. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

36. Jawhara S, Thuru X, Standaert-Vitse A, Jouault T, Mordon S, Sendid B, Desreumaux P, Poulain D.
2008.
Колонизации мышей Candida albicans способствует химически индуцированный колит и усиливает воспалительные реакции через галектин-3. J заразить Dis
197: 972–980. дои: 10.1086/528990. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

37. Goldstein EJC, Johnson SJ, Maziade PJ, Evans CT, Sniffen JC, Millette M, McFarland LV.
2017.
Пробиотики и профилактика инфекции Clostridium difficile. Анаэроб
45:114–119. doi: 10.1016/j.anaerobe.2016.12.007. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Tung JM, Dolovich LR, Lee CH.
2009.
Профилактика инфекции Clostridium difficile с помощью Saccharomyces boulardii: систематический обзор. Кан Ж Гастроэнтерол
23:817–821. дои: 10.1155/2009/915847. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

39. Newton DF, Macfarlane S, Macfarlane GT.
2013.
Влияние антибиотиков на видовой состав бактерий и метаболическую активность в хемостатах, содержащих определенные популяции кишечных микроорганизмов человека. Противомикробные агенты Chemother
57:2016–2025. doi: 10.1128/AAC.00079-13. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Zhai H, Pan J, Pang E, Bai B.
2014.
Лаваж с аллицином в сочетании с ванкомицином ингибирует образование биопленки Staphylococcus epidermidis в модели инфекции протезного сустава у кроликов. PLoS один
9:e102760. doi: 10.1371/journal.pone.0102760. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

41. Goldstein EJ, Babakhani F, Citron DM.
2012.
Антимикробная активность фидаксомицина. Клин заразить Dis
55 (Приложение 2): S143–S148. doi: 10.1093/cid/cis339. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

42. Rognes T, Floruri T, Nichols B, Quince C, Mahé F.
2016.
VSEARCH: универсальный инструмент с открытым исходным кодом для метагеномики. PeerJ
4:e2584. doi: 10.7717/peerj.2584. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Эдгар Р.С.
2010.
Поиск и кластеризация на несколько порядков быстрее, чем BLAST. Биоинформатика
26:2460–2461. doi: 10.1093/биоинформатика/btq461. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Caporaso JG, Kuczynski J, Stombaugh J, Bittinger K, Bushman FD, Costello EK, Fierer N, Peña AG, Goodrich JK, Gordon JI, Huttley GA, Kelley ST, Knights D, Koenig JE, Ley RE, Lozupone CA, McDonald D, Muegge BD, Pirrung M, Reeder J, Sevinsky JR, Turnbaugh PJ, Walters WA, Widmann J, Yatsunenko T, Zaneveld J, Knight R.
2010.
QIIME позволяет анализировать данные секвенирования с высокой пропускной способностью. Нат Методы
7: 335–336. doi: 10.1038/nmeth.f.303. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

45. ДеСантис Т.З., Хугенхольц П., Ларсен Н., Рохас М., Броди Э.Л., Келлер К., Хубер Т., Далеви Д., Ху П., Андерсен Г.Л.
2006.
Greengenes, проверенная химера база данных генов 16S рРНК и рабочая среда, совместимая с ARB. Appl Environ Microbiol
72: 5069–5072. doi: 10.1128/АЕМ.03006-05. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Paulson JN, Stine OC, Bravo HC, Pop M.
2013.
Дифференциальный анализ численности для исследований микробных маркерных генов. Нат Методы
10:1200–1202. doi: 10.1038/nmeth.2658. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

47. Полсон Дж. Н., Поп М., Браво Х.К.
2013.
metagenomeSeq: статистический анализ для разреженного высокопроизводительного секвенирования. Пакет биопроводников
1.11.10 изд.
https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/metagenomeSeq.html.

48. Сегата Н., Изард Дж., Уолдрон Л., Геверс Д., Миропольски Л., Гарретт В.С., Хаттенхауэр К.
2011.
Открытие и объяснение метагеномных биомаркеров. Геном Биол
12:R60. doi: 10.1186/gb-2011-12-6-r60. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

49. Смит Д.П., Пей К.Г.
2014.
Глубина последовательности, а не репликация с помощью ПЦР, улучшает экологические выводы из секвенирования ДНК следующего поколения. PLoS один
9:e

. doi: 10.1371/journal.pone.00

. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

50. Bolger AM, Lohse M, Usadel B.
2014.
Trimmomatic: гибкий триммер для данных последовательностей Illumina. Биоинформатика
30:2114–2120. doi: 10.1093/биоинформатика/btu170. [PMC бесплатная статья] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

51. Kõljalg U, Nilsson RH, Abarenkov K, Tedersoo L, Taylor AF, Bahram M, Bates ST, Bruns TD, Bengtsson-Palme J, Callaghan TM , Дуглас Б., Дренхан Т., Эберхардт У., Дуэньяс М., Гребенк Т., Гриффит Г.В., Хартманн М., Кирк П.М., Кохаут П., Ларссон Э., Линдал Б.Д., Лукинг Р., Мартин М.П., ​​Матени П.Б., Нгуен Н.Х., Нисканен Т., Оджа J, Peay KG, Peintner U, Peterson M, Põldmaa K, Saag L, Saar I, Schüßler A, Scott JA, Senés C, Smith ME, Suija A, Taylor DL, Telleria MT, Weiss M, Larsson KH.
2013.
На пути к единой парадигме идентификации грибов на основе последовательностей. Мол Эколь
22:5271–5277. doi: 10.1111/mec.12481. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

52. Фауст К., Сатирапонгсасути Дж. Ф., Изард Дж., Сегата Н., Геверс Д., Раес Дж., Хаттенхауэр К.